A União Aduaneira é vista por aqueles que a defendem como "um elemento essencial para o funcionamento do mercado único", pelo que só funcionará "de forma adequada se se verificar a aplicação comum e coerente das regras e dos sistemas aduaneiros comuns e modernos".
O relatório pede a total harmonização em aspectos como: a utilização de sistemas electrónicos comuns por todos os Estados-Membros; a criação de um sistema integrado e comum de cobrança de direitos; o uso de técnicas de processamento electrónico de dados; o uso de níveis comuns e modos de controlo sobre as mercadorias.
A harmonização do Código Aduaneiro da União (CAU) levanta-nos preocupações específicas relacionadas com a segurança dos cidadãos e com os aspectos económicos do Código. Por exemplo, não existe uma clara explicação de como e em que condições será feito o uso de sistemas electrónicos aplicado em todos os Estados-Membros. Quem vai controlar esses sistemas e as informações que podem ser compartilhadas por esses sistemas?
Além disso, a criação de um sistema unificado de direitos aduaneiros levanta preocupações sobre quem será o responsável pela recolha e a utilização das receitas, mas também sobre como encontrar um preço comum no contexto da harmonização.