As agências da UE têm uma influência significativa na elaboração de políticas, na tomada de decisões e na execução de programas, razão pela qual a sua acção não pode ser dissociada dessas políticas nem dos seus efeitos. As agências, regra geral, não são neutras. De facto, a esmagadora maioria destas agências encerram em si um caráter centralizador e uma visão federalista, retirando a capacidade aos Estados-membros para intervirem soberanamente em domínios variados. Além disso, estas agências têm como primordial objectivo impor uma lógica privada, mercantil e neoliberal nesses mesmos domínios - favorecendo o grande capital em detrimento dos trabalhadores e das populações. Importa destacar a referência feita no relatório ao facto de que o Tribunal de Contas emitiu um parecer sem reservas sobre as contas anuais de todas as agências, com excepção da Frontex e que as operações subjacentes às contas das agências foram consideradas legais e regulares para todas as agências com exceção do Instituto Europeu de Inovação e Tecnologia, relativamente ao qual o Tribunal de Contas emitiu uma opinião com reservas. Sem por em causa a utilidade e, nalguns casos, a necessidade de um trabalho e esforços conjuntos entre os vários países em vários dos domínios abarcados pelas agências da UE, não podemos ignorar a apreciação feita acima.