Em 2003, a Comissão e a Presidência da UE, avançaram com uma proposta de regulamento relativa à gestão das águas do Atlântico, que significaria a liberalização de acesso à zona entre as 12 e as 200 milhas da zona económica exclusiva portuguesa, nomeadamente por parte da frota espanhola, o que teria efeitos devastadores para os recursos pesqueiros e para os pescadores portugueses.

Os deputados do PCP ao PE prontamente desenvolveram iniciativas que visaram a manutenção das derrogações de acesso existentes, fazendo aprovar, na Comissão de Pescas, uma proposta para a manutenção destas derrogações para as Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, ao abrigo do estatuto de regiões ultraperiféricas. Contribuíram igualmente, em conjunto com os restantes deputados portugueses, para um compromisso — que se tornou a posição do PE — de manter os actuais regulamentos em vigor por mais um período de dez anos, após os quais seriam novamente avaliados. Este compromisso enviou um sinal inequívoco às negociações que entretanto se realizavam no Conselho — onde o Governo PSD/CDS-PP participa —, que infelizmente não foi seguido.