Embora tenha havido alguns progressos nas negociações com o Conselho, há ainda aspectos que importa clarificar, pormenorizar e reforçar. É o caso da prioridade "Alterações globais e ecossistemas", tendo em conta que o sector das pescas sofreu um corte orçamental muito forte no sexto programa-quadro de investigação, tendo passado de 880 milhões de euros no anterior programa para somente 570 milhões.

Mas é igualmente importante dar toda a atenção aos solos, também componente dos ecossistemas terrestres e suporte do seu desenvolvimento sustentável. O solo é igualmente o maior reservatório planetário de biomassa, e, como tal, a sua protecção é importante para a retenção do CO2 e mesmo para o seu sequestro duradouro. Daí a importância de apostar na investigação visando um melhor conhecimento do funcionamento dos ecossistemas terrestres e marinhos.

Por outro lado, nota-se que há pressões poderosas das indústrias químico-farmacêuticas e que estas áreas procuram reforçar as suas influências no programa, o que pode desequilibrar a versão final.